El Instituto tiene dos órganos de gobierno y un órgano ejecutor, que se rigen por las disposiciones pertinentes de la Convención sobre el Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA) y por sus respectivos reglamentos.  Asimismo, cuenta con dos mecanismos especiales de carácter asesor.

Órganos de gobierno

• La Junta Interamericana de Agricultura (JIA) es el órgano superior de gobierno, está integrada por 34 Estados Miembros y se reúne de forma ordinaria cada dos años.
• El Comité Ejecutivo (CE) está constituido por 12 Estados Miembros, elegidos para ejercicios de dos años según criterios de rotación parcial y de equitativa distribución geográfica, y celebra sus reuniones ordinarias anualmente.

Órgano ejecutor

La Dirección General (Reglamento de la Dirección General) es el órgano ejecutivo del IICA.  Está constituida por las unidades técnicas y administrativas de su Sede Central y las 34 oficinas ubicadas a lo largo y ancho de las Américas.

Mecanismos especiales

Por mandato de la JIA se han nombrado dos mecanismos especiales: (i) el Comité de Revisión de Auditoría (CRA), y (ii) la Comisión Consultiva Especial para Asuntos Gerenciales (CCEAG). 

                               Órganos de Gobierno                                                               Mecanismos Especiales