El SENASA tendrá como misión brindar servicios de calidad que permitan al sector pecuario integrarse al plan de desarrollo del país, facilitar el comercio de animales, productos y subproductos pecuarios en los mercados internacionales; vigilar, operar y negociar políticas en materia de su competencia, en la importación y comercio nacional; mediante una organización armonizada y equivalente, que asegure que las medidas veterinarias se basan en evaluación de riesgos para la salud animal y la salud pública veterinaria; gozando así del respeto y confianza de la comunidad nacional e internacional.

Su Misión: Proteger el Patrimonio Agrícola Nacional de plagas de importancia económica y cuarentenaria; aplicar las medidas fitosanitarias que regulan la movilización de plantas, sus partes y los productos reglamentados, así como, velar porque las sustancias químicas, biológicas o afines cumplan con las regulaciones técnicas y legales, buscando la protección de la salud humana y el ambiente.